“呈贡”系彝语“扯过”或“柴谷”的谐音，意为盛产稻谷的海湾坝子。

3万年前，“昆明人”就在呈贡县龙潭山一带繁衍、生息。

1万年前，新石器时代的智人生存在石子河一带。

距今2800年的西周昭穆时期，今呈贡小古城天子庙一带已建有奴隶制地方候王城邦。

公元前三世纪，楚国大将庄蹻率部入滇，在呈贡建立了盛极一时的古滇王国，楚文化和滇文化相互融合，展开了古滇国波澜壮阔的历史画卷，演绎了一个个神奇动人的故事。

西汉元封二年（公元前109年）置益州郡，今呈贡区古城（村）为呈贡镇（城），系彝族先民所居。今呈贡区境，北属本郡之谷昌县，南属本郡之滇池县。

唐代，改郡为昆州，改谷昌县为益宁县，改滇池县为晋宁县。

宋时，大理国岳候高智升遣土官伽宗筑土城于今古城，名伽千户所，因治所设于呈贡而得名，隶属于阳城堡万户府，下辖呈贡、诏营、切龙、雌甸、塔罗、罗忽、安江、安堋、大吴龙和乌纳山区。

元至元十二年（1257），割呈贡、沼龙、雌甸、塔罗和罗忽6城及乌纳山区置呈贡县；割安江、安堋、大吴龙置归化县。均属中庆路晋宁州领县。不久呈贡县改为晟呈县。

明洪武十六年（1383）复为呈贡县，属云南府。

清康熙七年（1668）撤销归化县制并呈贡县。

民国29年（1940）撤区设6乡，至民国38年（1949），全县分龙街、古城、七甸、化城、吴杰、中卫6个乡，80个保，916甲。直隶属云南省。

1950年1月12日成立呈贡县人民政府，隶属于云南省玉溪专区。全县总面积为446.5平方公里。

1956年化城等9乡划归晋宁县，面积减至304.85平方公里。

1957年澄江县马郎乡划入呈贡县后，面积增至340.15平方公里。

1958年12月撤销呈贡县制并入晋宁县。

1961年4月从晋宁县划出龙街、吴家营、大渔、洛羊、马金铺5个人民公社，成立呈贡区，隶属于昆明市。全县总面积为456平方公里。

1993年12月呈贡县土地祥查办公室和呈贡县土地管理局公布的《呈贡县土地利用现状详查报告》中记述，全县土地总面积468.1平方公里。

2000年与澄江县、晋宁县、宜良县、官渡区完成了行政区域界线的勘定，全县行政区划面积为452.19平方公里（不含滇池水域面积)。

2003年5月30日，云南省委、省政府作出了建设“现代新昆明”的战略部署。“现代新昆明”建设率先在昆明市主城东南部的呈贡启动，设立呈贡新区。

2011年7月8日，根据《国务院关于同意云南省调整昆明市部分行政区划的批复》（国函〔2011〕58号），云南省昆明市部分行政区划已作以下调整：一、撤销呈贡县，设立昆明市呈贡区，以原呈贡县的行政区域为新设呈贡区的行政区域。呈贡区人民政府驻三台路。 二、昆明市人民政府驻地由昆明市盘龙区东风东路迁移至昆明市呈贡区锦绣大街。标志着呈贡县正式撤县设区。